负责制定受局委托管理的建设项目的规章制度；执行上级主管部门批准的建设计划，组织委托管理建设项目的实施；建成项目交付前的维护；本单位党的建设、精神文明建设和职工的思想政治工作。(长江航道工程建设指挥部新增及划转的职责：
新增职责：
1、负责长江航道基本建设的管理工作；
2、负责长江航道基础设施工程项目的管理与监督；
3、负责长江航道工程定额管理，主持勘测设计阶段的审查与招标工作。

划转职责：将现长江航道工程建设指挥部职责中对长江航道整治工程及综合性基础设施建设竣工后的评价职责划转综合规划处。